Năm 1976, Trường Cao đẳng Sư Phạm An Giang được Bộ Giáo dục cho thành lập, sau đó đến năm 1985 thì giao lại cho Tỉnh An Giang quản lý.

Đến năm 1995, Tỉnh quyết định sáp nhập hai trường Trung học Sư Phạm và Cao đẳng Sư Phạm thành một và lấy tên mới là Cao đẳng Sư Phạm An Giang chuyên đào tạo giáo viên.

Trường Đại học An Giang được thành lập theo quyết định số 241/1999/QĐ-TTg ngày 30 tháng 12 năm 1999 của Thủ tướng chính phủ, là trường Đại học công lập thứ hai được thành lập ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long và khai giảng niên học đầu tiên ngày 9 tháng 9 năm 2000. Xây dựng trên cơ sở trường Cao đẳng Sư phạm An Giang, Trường Đại học An Giang là trường đại học công lập trong hệ thống các trường đại học Việt Nam, trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang. Ngoài đào tạo trường còn có nhiệm vụ nghiên cứu, ứng dụng và chuyển giao công nghệ trong vùng.

Từ 2000-2001, Đại học An Giang tuyển sinh khóa đầu tiên với 5 ngành đào tạo đại học. Đến năm 2005-2006 trường đã có 42 ngành đào tạo chính quy trong đó có 20 ngành hệ đại học.

Ngày 8 tháng 12 năm 2016, Thủ tướng có văn bản đồng ý chủ trương chuyển Trường Đại học An Giang từ trường Đại học chịu sự quản lý trực tiếp của UBND tỉnh An Giang thành trường Đại học thành viên của Đại học Quốc gia TP. HCM.[4]

Ngày 13 tháng 8 năm 2019, Trường Đại học An Giang chính thức trực thuộc Đại học Quốc gia TP HCM, theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ Việt Nam.